史部尚书：孙传庭
兵部尚书：史可法
户部尚书：高弘图
刑部尚书：高倬
工部尚书：马士英
都察院左都御史：刘宗周
都察院右都御史：王铎
除了拟定六部堂官和都察院都御史的人选，内阁还起草了武将晋升名录。
左良玉为宁南伯
高杰为兴平伯
刘良佐为广昌伯
刘泽清为东平伯
王朴为靖南侯，提督南直、浙江、福建、湖广、江西五省军务，左良玉、高杰、刘良佐、刘泽清皆受其节制。
左良玉部将金声垣、卢光祖、李国勇、徐勇、郝效忠为总兵
高杰部将李本深、高进库、李成栋、吴胜兆为总兵
刘良佐部将马得功、田雄为总兵
刘泽清部将刘孔和、刘洪基、李化鲸为总兵
王朴部将刀疤脸、赵信、唐胜、张和尚、黄得功为总兵