10月20日，阿马多返回科隆。他虽对此行的成果感到欣慰，但又得光凭一个法国人地承诺，就拿自己的命运、事业甚至生命去冒险有些不妥，关键时刻，阿马多地妻多尼亚玛丽亚给了他巨大的精神。这时，经过革命者的游说再加上5美元的赠款，哥伦比亚驻军司令埃斯特万乌埃尔塔斯决定加入“爱国者小组”。这对起义来说无疑是雪中送炭。
很，阿马多又用35万美元收买了一位哥伦比亚炮艇艇长展到这一步，哥伦比亚政府终于察觉了巴拿马政局的异常动向，立即派名将军率40名士兵乘一艘炮艇前往科隆，以防非常事变，+巡洋舰“纳什维尔”号突然开进科隆港，公开阻止哥伦比亚军队进入巴拿马城。
11月3，两位将军刚到巴拿马城。下午17时就被已经叛变的乌埃尔塔斯逮捕了，阿马多通知美国领事馆，巴拿马已经与哥伦比亚正式脱离关系，阿兰戈父在巴拿马城的大教堂广场。当众宣布成立巴拿马临时执政委员会，委员会地成员包括巴拿马精英分和美国铁路公司的高级职员。
当晚，巴拿马市议会举行特别会议，承认了这个政权。114日，巴拿马举行群众，宣布独立，推选阿马多为共和国首任总统，阿马多在会上致辞时高呼：“巴拿马共和国万岁！罗斯福万岁！美国万岁！”的口号，成为世界外交史上的一个趣闻。
对于巴拿马的独立，一位美国参议员写道：巴拿马人民是站起来了。像41个人一样！因为巴拿马独立起义是在美国下，由7个巴拿马人和34个美国人策划的。古斯塔夫阿道夫梅利安德写道，巴拿马是为了便宜而嫁给美国‘，是一个损害主权的杂种国家
埃里克莱昂则认为，巴拿马是一个得了萎缩症的国家。巴拿马独立后，美国立即催促政府签订运河条约，瓦里亚被巴拿马政府任命为驻美国公使，授予签订运河条约的全权。09年11月18，美国与巴拿马共和国签订了《美国与巴拿马共和国关于修建一条连接大西洋和太平洋地通航运河的专约》，简称“美马条约”或“海约翰－布诺瓦里亚条约”。
条约规定，美国保证巴拿马的独立，巴拿马把宽10英里方公里的运河区交给美国永久占领、控制，巴拿马湾中地一些岛屿也交给美国使用，美国一次性付给巴拿马1000美元，自1913起，每年支付25万美元，第三条甚至明确规定巴拿马共和国不得在运河区权，这就把运河区变成了国中之国。
第五条规定美国拥有
马运河和铁路公司的全部财产的永久垄断权，第八条河公司和铁路公司的全部财产和权利均须转让给美国，第二十四条规定，今后巴拿马共和国地政治形势无论发生什么变动，都将不得影响本条约规定给予美国的权力。条约中重要的一点是，美国有权对巴拿马城和科隆城进行干涉，以维护公共秩序。
美国一连串的表演让人眼花缭乱，就在美国自以为达到了目的的时候，运河公司终于开始了自己的表演。首先运河公司公布了自己地大股东-中国皇帝，然后中国皇帝十分气愤地在一个公开
“一个国家如果不愿意，尊重某种神圣无比的誓约，而意图以阴谋诡计玷污它的时候，那么，我绝对不会无视这种情况，并决心以自己的能力去杜绝它。”
不久，英国和德国也传来了同样的声音，与中国相比，美国的分量还小了些，这两个国家自然不愿意得罪中国。美国总统罗斯福一下头大了，马上派出了以前总统格兰特为代表的特使团，前往中国商讨购买运河公司的事宜。
在传统的观点看来，美国人是通过不平等条约控制了巴拿马运河，并掠夺了本应属于巴拿马人民的财富。事实上，当1909年地条约签订时。西奥多罗斯福高兴地说：“我拿到了地峡！”塞缪尔早川教授则说了一句令人费解的评语：“我们是正当地偷窃了它！”
对于美国与巴拿马地关系，1927年|《纽约时报》上作过如下自嘲性的陈述：“当你以卵击石时，卵碎；换言之，当你以石击卵时，卵碎；美国，石也，巴拿马卵也；无论何种情况，卵皆碎矣。”
不过。从另一个角度来说，当两个国家国力相差不多的时候，这种道理就十分有效了，中国和美国就想两块坚硬的石头，在互相抵消了之后，美国人无奈的改变了态度，开始遵循常理来购买运河公司。
再赵刚的书房，格兰特十分热情的说出了美国政府地报价两亿美金，外加巴拿马运河的租金。每年500，这个价钱是之前给运河公司的5，给哥伦比亚政府的10，给巴拿马政府的20倍。