七月二十六日，明廷指责荷人烧毁大明皇帝的船只，要荷人赔偿战争损失，贸易方面则一定要协商签约，也就是还要遵守朝贡体系。荷兰人自恃优势武力，对独占中国市场的大饼指日可望，当然对明廷的协商感到不耐烦。巴达维亚方面摆出战胜者的姿态，认为一定要迫使中国政府不再与西班牙人、葡萄牙人交易。如果中国不同意就必须再度对中国作战，直到达成目的。
郑芝龙对荷人偷袭厦门深恶痛绝，于是发挥“江湖强人”的本色，将自己拥有的私人海上武力秘密调集，使用全新的英国舰炮，配备有丰富海上经验的老干部，积极准备战舰、放火船外，还发出了悬赏令：参战每人给二两银，如果战事延长，额外给予五两。每只放火船有十六人，每人须带木或草，如果烧了红毛船，给二百两(由十六人均分)，一个红毛人头五十两。悬赏令所动支的金钱全由郑芝龙个人负担，直接发放，不需经过政府官员的层层剥削及延迟。在船舰的准备方面，在海澄、刘五店、石浔、安海共集合三十五只大战船，一百只放火船，及其它大小船只共四百只，准备全力与荷军一决胜负。
台湾长官兼舰队司令普特曼斯发觉郑芝龙的介入，顿觉兵力不足，于二十七日寻求海盗刘香、李国助等人的协助，要他们与荷兰人联合起来对中国开战。荷人提供大员【地名】、巴达维亚及其它要塞之处做自由停泊与买卖。
荷军自攻打厦门后经过二十二天，到了八月三日荷军业已感受到郑军军事压力及悬赏令的恐怖威力。普特曼斯写给刘香的信中提到：“……一官【郑芝龙】屡屡用放火船及兵船企图于漳州河压倒我们，我们不时受到损害及耻辱而不得不逃走……”荷军于是将必要的财货转移到吃水较深、不易受到放火船攻击的密德堡号上，再转运到澎湖。普特曼斯的海上优势，因郑芝龙的出现突然之间消失殆尽。
八月二十四日至二十七日有台风，普特曼斯将船队开到铜山避风，同时再获得一百名士兵的增援。九月五日，普特曼斯在铜山避风后，不忘强盗本色，攻击铜山一带。抢了一些牛、猪、鸡。
九月十八日。郑芝龙与刘香激战，刘香败，逃往澎湖。
崇祯皇帝十分不满红毛人中国杀人放火、掠夺财富，派路振飞为巡按查办。九月二十二日。福建巡抚邹维琏接到圣旨：惩荷。
十月八日。中国方面有下列记载：“……初六日(阳历十月八日)……至古雷吉钓湾，见有夷船一只，近在岸旁。即督昆等带领冲锋兵三十余名喊杀，夷众忙乱跳水者，下沈者，被我兵杀死无数，抢获三十余名，斩级十余颗……”
十月十日，荷舰受到中国舰的攻击，海盗马上救助荷兰人，并向普特曼斯邀功。
十月十五日福建巡抚邹维琏在海澄誓师，令郑芝龙为前锋。
十月十七日郑芝龙报告：“卑职督率船只扼要乌沙头，据报夷夹板船九只，刘香贼船五十余只，自南北上，游移外洋。”
十月十八日，荷人见在金门北角有四、五十只中国船舰，故将船队靠于金门西南角。
十月十九日，荷人收到郑芝龙的战书。
十月二十日，海盗刘香将所掠到的二十只牛送给荷兰人。